Im 16. Jh. verließen die Mönche das Kloster. Ab 1554 setzten die bayer. Herzöge weltliche Verwalter ein. 1598 wurden die Güter dem Jesuitenkolleg in Ingolstadt übergeben. 1782 fiel die Anlage an die Malteser. 1815 wurden Kloster und Kirche abgebrochen.