Die Burg B. soll im Jahr 1168 durch Uodalrich Walpoto de Bernecke in Nachfolge der Turmburg an der „Gertrudslust“ ohne Genehmigung auf dem Grundbesitz des Bamberger St. Jakobusstifts erbaut worden sein und wurde daher von Uodalrich 1177 vom Bistum Bamberg zu Lehen genommen. Dies ist zugleich die Ersterwähnung der Burg, die bis 1203 ein Sitz der Walpoten blieb. Von diesen kam B. an die Meranier und mit deren Aussterben (1248) über das Bistum Bamberg 1258 an Burggrafen Friedrich von Nürnberg und über diesen 1260 an die Grafen von Orlamünde. 1338 ging die Veste Bernekk wieder die Burggrafen zurück, die es 1341 zum Amtssitz machten. 1406 erwarb Bischof Johann von Riga aus dem Geschlecht der Wallenrode die Burg, die erst 1477 durch die Burggrafen ausgelöst wurde. 1478 wurde über B. eine neue Burg „Neuwallenrode“ erbaut. Bis 1537 saßen auf B. zahlreiche Amtsmänner, danach wurde die Burg nicht mehr bewohnt.
1430 soll die Burg durch die Hussiten niedergebrannt worden sein.