Für das Seelenheil der Freisinger Bischöfe
Bischof Konrad III. der Sendlinger (Regierungszeit 1314?1322) ließ die alte Johanneskapelle vor dem Freisinger Dom abreißen und an ihrer Stelle eine neue Kirche errichten. Gleichzeitig begründete er im Jahr 1319 hier ein Kollegiatstift mit Propst, Dekan und sechs Kanonikern und gliederte ihm die Pfarreien Altenerding, Thalkirchen, Eschlbach, Ismaning, Attenkirchen, Sendling und das dem Dekan vorbehaltene Pemmering ein. Dazu kamen drei Benefizien (zwei im Dom und eines in der eigenen Stiftskirche). Die schlichte Chorkleidung der Kanoniker bestand aus einem einfachen schwarzen Talar, einem Chorrock mit Flügeln und schwarzem Halskragen. Der Bischof bestimmte den Stiftspropst aus den Reihen des Domkapitels; das Dekanat, das die Administration des Stifts besorgte, erhielt stets der Domzeremoniar. Die Kanoniker waren zu eigenen G
Fürstbischof Sixtus von Tannberg (Regierungszeit 1473?1495) vermehrte 1481 die Stiftung. Seit der Mitte des 16. Jahrhunderts verlor sie jedoch wesentlich an Bedeutung. Das Kapitel bestand nur mehr aus Propst, Dekan und drei Kanonikern. Bischof Heinrich III. (1541?1551) legte 1546 den Chordienst des Stiftes mit dem der Domherren zusammen und ließ ihn nur noch im Dom abhalten. Der Fürstbischof bestimmte den Stiftspropst aus den Reihen des Domkapitels; das Dekanat, das die Administration des Stifts besorgte, erhielt stets der Domzeremoniar. Der Domdekan befehligte die Stiftsherren, die vom Domkapitel in der Folgezeit wie Chorvikare behandelt wurden. Starb ein Mitglied des Stifts, so nahm sich nun das Domkapitel des Nachlasses an. Die freien Stellen wurden, nachdem das Kapitelgremium mit der Zeit auf das ihm zustehende Recht der freien Dekanwahl verzichtet hatte, sämtlich vom Bischof vergeben.
Erst als Fürstbischof Joseph Clemens (1685?1694) im Jahr 1694 eine Michaelsbruderschaft auf dem Hochaltar von St. Johann errichtete, bekam die Kirche wieder einen Zweck. 1711 schenkte Fürstbischof Johann Eckher von Kapfing und Lichteneck (1695?1727) dem Heimatpfarrer des hl. Korbinian aus Saint Germain d? Arpajon Reliquien des Heiligen. Als dieser nach Freising kam, um sie persönlich abzuholen, wurde er samt seinen Nachfolgern zum Kanonikus von St. Johann ernannt.
Bei der Aufhebung des Stifts im Zuge der Säkularisation im Jahr 1802 war man darauf bedacht, alle Gebäude rund um den Domhof im Zusammenhang zu erhalten. Deswegen hat man die frühgotische Stiftskirche nicht abgerissen. Ab 1803 wurde sie als Heustadel verwendet. Ihre kostbare Einrichtung jedoch ging größtenteils verloren. Das ehemalige Hochaltargemälde ?Predigt Johannes des Täufers in der Wüste? von Jacopo Amigoni (1682?1752) befindet sich jetzt im Würzburger Dom.1841 wurde St. Johann als Studienkirche wieder eingerichtet und erinnert noch heute an das ehemalige Kollegiatstift.
Christine Riedl-Valder