Die Burg wird erstmals indirekt 1206 mit Graf Otto de Botenlouben, dem berühmtesten Mitglied dieser Familie, genannt. Jahrelang auf Kreuzzug, heiratete er vor 1208 Beatrix, Tochter des Joscelin III. de Courtenay, Titulargraf des Kreuzfahrerstaats Edessa und Seneschal des Königreichs Jerusalem. Beide zogen 1220/21 nach Franken und verkauften 1234 ihre Burg Botenlauben an Bischof Hermann von Würzburg, behielten sich dabei aber für bestimmte Gebäude das Wohnrecht vor. Das Bistum verpfändete fortan Botenlauben mehrfach, was zu einer zunehmenden Verwahrlosung führte. Die Zerstörung durch die Bauern 1525 besiegelte den Untergang endgültig. Erste Instandsetzungsarbeiten setzten bereits 1710 ein und wurden in den 1880er und 1890er Jahren intensiviert, als man beide Türme nicht nur mehrfach sanierte, sondern auch umgestaltete. Parallel erfolgten wenig fachliche Ausgrabungen. 1901, 1967, 1976 und 2003 unternahm man weitere Sicherungsarbeiten.