1287/88 veräußerte Heinrich I. von Thann das "castrum Thann" an Herzog Ludwig II. von Bayern, erhielt die Burg aber als Lehen zurück, das letztlich aber als Reichslehen in die Hand des Nürnberger Burggrafen Friedrich II. geriet. Nach dem Aussterben der Thanner 1346 wurde Burgthann mehrfach verpfändet. Nach einer Zerstörung 1460 im „Bairischen Krieg“ erfolgte ein Wiederaufbau, der 1635 eine erneute Zerstörung im Dreißigjährigen Krieg erlitt. Die fortan notdürftig instand gehaltene Burg war 1723 baufällig und ging 1792 an Preußen. 1795 beschädigte ein Blitzeinschlag die ohnehin marode Burg, ein zweiter folgte 1897. Zwischenzeitlich nutzten mehrere Privateigentümer die Burg als Steinbruch. 1919 begann Freiherr von Seck mit Restaurierungsarbeiten, doch machte der Beschuss der Burg 1945 durch amerikanische Truppen diese Bemühungen zunichte. Danach setzte der Wiederaufbau ein, der durch die 1984 neu gegründete „Fördergemeinschaft Burg Burgthann“ betreut wurde. 1988 erwarb die Gemeinde Burgthann die Burg.